使用石墨冷凝器時，不可避免的會產生污染，沉淀的污染物等沉淀在整個的傳熱表面上，這樣會出現結垢的現象，由于傳熱板的熱電阻比較的高，再加上沉淀的污染物等會降低整個的速率。產生結垢會影響石墨冷凝器廠家的流通的面積等，隨著面積的減少會增大整個的阻力，設備的能耗會開始增加。

散熱效果的好壞會與日常維護以及清潔的方式等相關，不同石墨冷凝器型號結垢的方式不同，需要使用合適的方式完成除垢。

導致結垢的原因比較的多，包括流體的速度以及整個流通的污水中雜質的種類等，應該找出主要的因素才能夠將這些問題有效的解決。

結垢的產生與析晶密切的相關，流體的溫度也與結晶的析出的速度相關，析出的速率影響石墨冷凝器價格，會對沉淀的數量等產生影響，升高清理污染物的花費等。

流速也會對污垢的沉積等產生影響，流速增大會引起沉淀速率的增長。導致了實際運行的石墨冷凝器流速將會增大，不是越大越好的。